由于肛周脓肿是感染因素引起，所以，在治疗肛周脓肿上抗感染治疗是最常见的治疗方法，但需要注意的是，对于致病菌的明确是一个重点，不能盲目的使用抗菌药物，另外也需要注意治疗及时，下面就治疗肛周脓肿的方法进行介绍。
一般来说的话，得了肛周脓肿的患者如果是保守治疗的话，都是包括坐浴了、还有就是通过热敷的治疗。还有就是可以应用抗生素的治疗方法。如果效果不好的话，还是建议行手术切开引流。
如果只是单纯性脓肿的治疗，可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
还有一种治疗方案就是手术治疗。用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗。事实上肛周脓肿内口是只能通过手术切除才能除根，，必须手术切开引流。肛周脓肿会继发为肛瘘，时间长了未治或者是误治的话可能会癌变。
患者在平时的时候还是要注意饮食宜清淡，少食辛辣的食物、也不要吃些煎炒、油炸的东西、还有就是不消刺激的东西，多食水果、蔬菜和纤维性食物，多饮水，不要坐立太久，要适当的进行运动。